Nature Humaine fonctionne en lien étroit avec des associations et structures de protection de l'environnement et de réflexion sur les questions humaines, comme :

• • Le Mouvement pour la Terre et l'Humanisme de Pierre Rabhi, dont Isabelle Desplats, notre Présidente, est Vice-Présidente.
• • Interaction TP/TS dont est membre Ivan Malcheff, notre trésorier.
• • L'ADEME, qui finance en partie la Lettre et a en son sein de nombreux spécialistes qui s'interrogent aussi sur la question du facteur humain de la crise écologique.
• • Le Global Footprint Network : Nature Humaine est partenaire du réseau mondial des utilisateurs de l'empreinte écologique : l'association utilise régulièrement, cet outil, qui est particulièrement pertinent pour faire le lien entre les comportements humains et leur impact écologique.
• • L'Ecole de la Nature et des Savoirs : Nature Humaine est membre de la SCI qui porte le projet de construction d'une école en synergie avec la mission de Nature Humaine.

Des liens seront par la suite institués avec des universités (Sciences de la nature et Sciences humaines), tant françaises qu'étrangères, afin d'initier des recherches sur les sujets de prédilection de l'association, sujets pour la majorité peu investigués pour l'instant.